De oorsprong van Harmelen ligt in de nabijheid van de Oude Rijn. De Romeinen bouwden in de 1e eeuw na Chr. hun grensnederzettingen langs de oevers van de Oude Rijn. Toch zijn er in Harmelen geen bewijzen gevonden van bewoning in de eerste eeuwen van onze jaartelling. De oudste, bekende bewoning van Harmelen was in Oudeland en Harmelerwaard, vermoedelijk daterend uit de 8e en de 9e eeuw. Waarschijnlijk behoorden deze vroege bewoners van Harmelen tot de parochie Vleuten. Pas omstreeks 1200 zijn er vermeldingen die met zekerheid Harmelen betreffen en dat Harmelen een kerspel was. Kerspel is de Middelnederlandse benaming voor een kerkgemeente, een parochie of een onderdeel daarvan. De Hervormde kerk op het Kerkplein wordt voor het eerst genoemd in 1279 in een tiendregister. De kerk was toen de enige kerk van Harmelen en het gebouw een eenvoudig rooms-katholiek Romaans kerkje, opgetrokken in tufsteen. De bisschop van Utrecht schijnt in samenwerking met de lokale heren de kerk van Harmelen gesticht te hebben als gevolg van de ontginningen bij Harmelen en de toename van de bevolking in de ontgonnen polders. Plundering, brand en verwoesting kwamen veelvuldig voor in en om Harmelen en de kerk werd hierdoor ook geplaagd: In 1482 was de kerk een ruïne, maar werd vervolgens weer hersteld. In 1532 werd de kerk door Dirk V van Zuylen ten laste van de Johannieter-orde herbouwd. Op 26 augustus 1581 gaven de Staten van Utrecht een plakkaat uit waarin de exercitie van de Roomse religie verboden werd.
De kerk van Harmelen ging geleidelijk over op het Calvinisme. Na deze reformatie werd de van oorsprong katholieke kerk door de hervormden in gebruik genomen, hoewel de meeste Harmelaars aanhangers waren van de katholieke leer. Het is niet bekend of er in Harmelen sprake is geweest van een beeldenstorm. De eerste hervormde predikant was Jacobus Hardenberch, hij werd in 1589 bevestigd. De Harmelense katholieken hadden na 1581 geen kerk en gingen voor hun kerkgang meestal naar Vleuten. Pas in 1795 was er een bescheiden katholieke kerk in Harmelen aan de Rijn (de voorganger van de twee latere R.K. St. Bavokerken).
Vermoedelijk door optreden van Spaanse troepen stond de hervormde kerk in 1593 in brand. De volledige restauratie vond pas plaats in ca. 1639.
Bij de inval van de Fransen in 1672-1673 werd de torenspits in brand gestoken. De kerk werd ook beroofd van vele inwendige versieringen. Door de vernielingen en slechte tijd in 1675-1683 kwam de kerk in nog slechtere staat. Maar vanaf 1683 werden er weer betalingen gedaan voor herstel van de kerk.
Tijdens de inlijving van ons land bij Frankrijk van 1810-1813, moest de beroepsbrief voor de nieuwe predikant M. Schutte Hildebrand naar de Franse overheid en een eed door de predikant voor het Franse regiem worden afgelegd. In de kerkelijke notulen is niets terug te vinden over andere gevolgen van de Franse inlijving.
In 1840 is de kerk gerestaureerd, wegens achterstallig onderhoud. Het kerkgebouw was geruime tijd onbruikbaar; men moest 3 maanden elders kerk houden.
Op 23 juni 1900 brandt de hervormde kerk totaal uit als gevolg van blikseminslag in de toren. De burgerlijke en kerkelijke gemeente hadden besloten om de kerk volledig te slopen, maar burgemeester Baron van Heemstra heeft de sloop weten te voorkomen door de mensen te
overtuigen dat wederopbouw het enige verstandige is. De kerk werd binnen een jaar compleet en tevens heel fraai hersteld. Architect J.C. Wentinck en zijn vader maakten hiervoor het ontwerp, gestimuleerd door de beroemde architect P.J.H. Cuypers. Aan het metselwerk is te zien welke delen na de brand vervangen zijn omdat er bij de herbouw een iets andere steen is gebruikt. In 1977-1978 is het kerkgebouw gerestaureerd en gemoderniseerd, maar zodanig dat de 19e-eeuwse stijl van de kerk niet is aangetast. Ondanks alle tegenspoeden heeft de kerk de eeuwen ruimschoots doorstaan .
Bronnen: • Rondom Het Woord, de geschiedenis van de Hervormde Gemeente van Harmelen en haar kerkgebouw door J. Kwantes (2012). • De Hervormde Gemeente Harmelen door Jac. De Bruijn (1973).
